Seit Beginn seiner Amtszeit muss sich Karl Lauterbach einige Kritik gefallen lassen. Nun äußert sich FDP-Vize Wolfgang Kubicki und stellt den Gesundheitsminister infrage. „Ich gehe, ehrlich gesagt, nicht davon aus, dass Karl Lauterbach als Gesundheitsminister die ganze Legislaturperiode im Amt bleibt. […] Lauterbach verzettelt sich. Er kann das Haus nicht führen“, so Kubicki bei der „Stuttgarter Zeitung“ und der „Stuttgarter Nachrichten“. Auch SPD-Mitglieder seien laut Kubicki genervt von Lauterbach und die Frustration unter den Kollegen sei nicht zu toppen.
Nicht zuletzt Lauterbachs Entscheidungen bezüglich der Corona-Pandemie werden scharf kritisiert. Bayerns Gesundheitsminister Klaus Holetschek rief ihn in der Debatte um die Maskenpflicht im Fernverkehr auf, von seiner „Basta-Mentalität“ abzurücken. Dies solle helfen, um einheitliche Regelung gewährleisten zu können. Aus dem anfänglichen Enthusiasmus der Ampel-Regierung dringen immer mehr Uneinigkeiten und gegenseitige Kritik an die Öffentlichkeit.