Das Bundesamt für Verfassungsschutz sieht die Jugendorganisation der AfD als rechtsextrem an. Neben der „Jungen Alternative“ gelten auch der Verein „Ein Prozent“ und das sogenannte „Institut für Staatspolitik“ als „gesichert rechtsextremistische Bestrebungen“. Laut dem Bundesamt hätten sich „die Anhaltspunkte für Bestrebungen gegen die freiheitliche demokratische Grundordnung inzwischen zur Gewissheit verdichtet“. Alle drei Organisationen waren bislang lediglich Verdachtsfälle und wurden vom Verfassungsschutz als solche beobachtet.
Damit steht die „Junge Alternative auf einer Stufe mit der NPD, die bereits seit Jahren vom Verfassungsschutz als rechtsextremistisch eingestuft wird. Laut Verfassungsschutzpräsident Thomas Haldenwang seien die Positionen des AfD-Nachwuchses nicht mit dem Grundgesetz vereinbar. „Es bestehen keine Zweifel mehr, dass diese drei Personenzusammenschlüsse verfassungsfeindliche Bestrebungen verfolgen“, so Haldenwang. Alle drei Organisationen „zielen auf die Ausgrenzung vermeintlich Fremder“, resümierte Haldenwang.